El dominio Eukaria incluye a todos los organismos eucariotas (eu: verdadero; karion: núcleo). Siendo el más diverso, en él se encuentran organismos unicelulares y pluricelulares, autótrofos y heterótrofos. A este dominio pertenecen los reinos: protista, fungi, plantae y animalia. Se cree que los eucariotas se originaron hace 2,500 millones de años, y según la teoría endosimbiótica de Margulis, lo hicieron a partir de una célula procariota que al perder su pared celular aumentó de tamaño, posteriormente englobó a otras células procariotas con las cuales estableció relaciones cooperativas muy provechosas que les dieron grandes ventajas evolutivas.
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