De acuerdo con los datos de las secuencias de las subunidades pequeñas de los ARN ribosomales de las arqueas, este grupo ha sido dividido principalmente en dos “filos”, los cuales se conocen como el filo Crenarchaeota y el filo Euryarchaeota, cuyos miembros son, sobre todo, arqueas cultivadas in vitro.
Filo Crenarchaeota
Este grupo está formado principalmente por especies de arqueas hipertermófilas y termoacidófilas, es decir, aquellos géneros de arqueas que habitan ambientes inhóspitos con condiciones térmicas y de pH extremas.
Está compuesto por una sola clase taxonómica, que se conoce como Thermoprotei, dentro de la cual se encuentran los siguientes cinco órdenes taxonómicos: Acidilobales, Desulfurococcales, Fervidicoccales, Sulfolobales y Thermoproteales.
Ejemplo de algunos de los géneros pertenecientes a dichas clases pueden ser los géneros Sulfolobus, Desulforococcus, Pyrodictium, Thermoproteus y Thermofilum.
Filo Euryarchaeota
Los miembros de este grupo tienen un rango ecológico un poco más amplio, pudiendo hallarse en él algunas especies hipertermófilas, metanógenas, halófilas e incluso metanógenas termofílicas, arqueas desnitrificantes, reductoras de azufre, oxidadoras de hierro y algunas organotrofas.
Las clases taxonómicas descritas para los euriarqueotas son ocho se conocencomo Methanopyri, Methanococci, Methanobacteria, Methanomicrobia, Archaeglobi, Halobacteria, Thermococci y Thermoplasmata.
Muchas de las arqueas pertenecientes a este grupo están ampliamente distribuidas, hallándose en los suelos, sedimentos y aguas marinas, así como en los ambientes extremos descritos.
Filo Thaumarchaeota
Este filo fue definido hace relativamente poco tiempo y muy pocas de las especies pertenecientes al mismo han sido cultivadas in vitro, por lo que se sabe poco de estos organismos.
Todos los miembros del filo obtienen su energía a partir de la oxidación de amonio y están distribuidos globalmente en cuerpos de agua dulce, suelos, sedimentos y aguas termales.
Filos Korarchaeota, Aigarchaeota y Goarchaeota
Algunos investigadores expertos en la materia, basándose en el análisis de secuencias genómicas, han determinado recientemente la existencia de tres filos adicionales en el reino Archaea, aunque las especies propuestas para estos filos todavía no fueron aisladas en un laboratorio.
En general, los miembros pertenecientes a estos filos han sido hallados bajo la superficie de muchos ecosistemas terrestres y marinos, pero también en aguas termales y en sistemas hidrotermales del mar profundo.
Las arqueas tienen su importancia en la tecnología, hay metanógenos que son utilizados para producir biogás y como parte del proceso de depuración de aguas, y las enzimas de arqueas extremófilas son capaces de resistir temperaturas elevadas y solventes orgánicos, siendo por ello utilizadas en biotecnología.
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